More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1545 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  97.05 
 
 		 339 aa  682    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 339 aa  699    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  42.94 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  42.94 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  38.2 
 
 		 358 aa  253  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  252  6e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  37.64 
 
 		 358 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  37.92 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  40.25 
 
 		 346 aa  249  4e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  40.45 
 
 		 345 aa  245  6.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  38.99 
 
 		 347 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  41.03 
 
 		 340 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  41.64 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  41.32 
 
 		 351 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  40.42 
 
 		 340 aa  243  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  40.58 
 
 		 351 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  40.88 
 
 		 356 aa  238  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  39.14 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  37.54 
 
 		 341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  39.48 
 
 		 340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.53 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 		 341 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  39.12 
 
 		 341 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 341 aa  230  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  38.49 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  38.64 
 
 		 336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.35 
 
 		 336 aa  222  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 		 349 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.3 
 
 		 335 aa  215  8e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  35.82 
 
 		 342 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  33.53 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  35.89 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 342 aa  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  34.69 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  33.04 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 342 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  33.95 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  34.9 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  31.27 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  32.89 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  32.33 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  31.42 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  30.12 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  37.18 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  35.38 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  34.43 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  30.39 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  33.22 
 
 		 379 aa  139  7e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  30.31 
 
 		 347 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.72 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.54 
 
 		 338 aa  130  4.0000000000000003e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  31.48 
 
 		 266 aa  129  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  30.59 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  31.25 
 
 		 364 aa  125  9e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  28.67 
 
 		 378 aa  125  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3474  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.29 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.586797  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  28.35 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  27.59 
 
 		 344 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5110  putative lipoprotein  28.35 
 
 		 344 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4941  ABC transporter substrate-binding protein  28.35 
 
 		 344 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5501  putative lipoprotein  28.35 
 
 		 344 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5350  putative lipoprotein  28.35 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4956  ABC transporter substrate-binding protein  29.49 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  26.5 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.5 
 
 		 339 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 326 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2031  ABC-type transporter, periplasmic component  25.48 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.702659  hitchhiker  0.000664756 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2025  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.727103  hitchhiker  0.0000000026678 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 470 aa  108  1e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3791  ABC transporter, substrate-binding protein  27.2 
 
 		 344 aa  106  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  27.2 
 
 		 344 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 322 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 320 aa  102  9e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5382  putative lipoprotein  27.2 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5572  putative lipoprotein  27.2 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 334 aa  99.4  7e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 368 aa  98.6  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 326 aa  97.4  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4658  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 440 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 325 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  28.95 
 
 		 325 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>