More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4390 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 374 aa  768    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  86.74 
 
 		 377 aa  647    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  96.52 
 
 		 374 aa  741    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  89.35 
 
 		 376 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  89.35 
 
 		 376 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  89.35 
 
 		 376 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  77.15 
 
 		 374 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  66.76 
 
 		 370 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  67.31 
 
 		 382 aa  491  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  72.24 
 
 		 316 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  53.82 
 
 		 349 aa  351  8.999999999999999e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  52.98 
 
 		 340 aa  351  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.04 
 
 		 353 aa  133  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 363 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.58 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.29 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.29 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.29 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.29 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.32 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.29 
 
 		 349 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.22 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 350 aa  113  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.19 
 
 		 355 aa  113  5e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 		 349 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.89 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.89 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.68 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  28.96 
 
 		 369 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.07 
 
 		 357 aa  106  5e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  22.54 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  22.89 
 
 		 340 aa  106  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  29.94 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.26 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  23.81 
 
 		 374 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 370 aa  99  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.83 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 374 aa  97.8  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 353 aa  96.7  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.65 
 
 		 356 aa  96.3  8e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 374 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 349 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.21 
 
 		 357 aa  95.5  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 357 aa  94  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 		 351 aa  94  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 366 aa  94.4  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 384 aa  93.2  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 		 359 aa  93.2  6e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 341 aa  93.2  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.83 
 
 		 345 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  26.3 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 368 aa  91.3  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.57 
 
 		 359 aa  92  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 358 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  24.15 
 
 		 354 aa  91.3  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  26.41 
 
 		 356 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.01 
 
 		 345 aa  90.1  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 		 353 aa  89.7  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 351 aa  89.4  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 		 357 aa  87.8  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  21.45 
 
 		 358 aa  87  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3040  ABC permidine/putrescine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.73 
 
 		 385 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 346 aa  87.4  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0185  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 379 aa  86.7  6e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1021  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  24.23 
 
 		 375 aa  86.3  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 401 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  22.64 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.9 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3767  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  26.73 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.69 
 
 		 484 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 340 aa  84.7  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 345 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2123  hypothetical protein  22.9 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.49 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 373 aa  82.8  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 383 aa  82.8  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 366 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3274  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 375 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 396 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.84 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>