More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3955 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
374 aa  763    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  57.68 
 
 
369 aa  430  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  30.77 
 
 
351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 
356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3886  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 
358 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3222  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 
355 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
357 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4497  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
353 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4498  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.79 
 
 
363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  27.73 
 
 
342 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.36 
 
 
348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
374 aa  114  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.03 
 
 
363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  27.67 
 
 
362 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  27.16 
 
 
347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
358 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.3 
 
 
366 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4758  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.9 
 
 
370 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.263083  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.14 
 
 
369 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
349 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
357 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
350 aa  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.37 
 
 
369 aa  107  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
366 aa  107  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 
349 aa  106  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
363 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
367 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.43 
 
 
349 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.71 
 
 
349 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 
370 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
365 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.25 
 
 
349 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.85 
 
 
361 aa  103  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.58 
 
 
349 aa  103  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.58 
 
 
349 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.58 
 
 
349 aa  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.5 
 
 
369 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
346 aa  102  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  30.25 
 
 
367 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.39 
 
 
345 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.96 
 
 
369 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.84 
 
 
345 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.39 
 
 
345 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
367 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.47 
 
 
345 aa  102  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
365 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  27.98 
 
 
366 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
376 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
367 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
367 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  26.37 
 
 
343 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.23 
 
 
343 aa  101  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
376 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
376 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 
367 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.02 
 
 
370 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2168  putative periplasmic binding ABC transporter protein  27.3 
 
 
386 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198501  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
374 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
358 aa  100  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 
374 aa  100  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  26.82 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
375 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 
367 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.46 
 
 
367 aa  99.4  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.03 
 
 
370 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 
370 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.03 
 
 
370 aa  98.6  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.03 
 
 
370 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.03 
 
 
370 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.03 
 
 
370 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  27.03 
 
 
370 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  27.45 
 
 
367 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 
364 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.55 
 
 
377 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.11 
 
 
370 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
365 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  27.17 
 
 
367 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.88 
 
 
361 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  26.18 
 
 
367 aa  97.4  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  25.43 
 
 
340 aa  97.8  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 
357 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
366 aa  97.8  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3798  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
342 aa  97.4  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  0.354571 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
365 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.65 
 
 
353 aa  97.1  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  26.02 
 
 
365 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 
375 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  28.32 
 
 
342 aa  96.7  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 
383 aa  96.3  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  24.56 
 
 
340 aa  96.3  8e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
357 aa  96.3  8e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
366 aa  96.3  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
357 aa  96.3  8e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
369 aa  95.9  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.36 
 
 
348 aa  95.9  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>