More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2968 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
356 aa  733    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  67.53 
 
 
351 aa  495  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  58.53 
 
 
358 aa  414  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  56.55 
 
 
357 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3886  extracellular solute-binding protein  51.25 
 
 
358 aa  368  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3222  extracellular solute-binding protein  52.4 
 
 
355 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4497  extracellular solute-binding protein  46.2 
 
 
353 aa  322  6e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4498  extracellular solute-binding protein  47.4 
 
 
352 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  30.56 
 
 
374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.15 
 
 
345 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  31.48 
 
 
345 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  30.21 
 
 
345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  30.21 
 
 
345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  29.88 
 
 
347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 
342 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  29.65 
 
 
347 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  28.94 
 
 
344 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30 
 
 
353 aa  123  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
346 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 
345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  32.17 
 
 
357 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  30.82 
 
 
359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  28.57 
 
 
340 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.49 
 
 
347 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  29.48 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.17 
 
 
347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  29.33 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.8 
 
 
343 aa  114  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.25 
 
 
348 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
350 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 
373 aa  112  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.25 
 
 
348 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  30.25 
 
 
348 aa  112  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.25 
 
 
348 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  30.25 
 
 
348 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.25 
 
 
348 aa  112  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.71 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.39 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0082  extracellular solute-binding protein family 1  26.77 
 
 
349 aa  110  3e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  29.25 
 
 
362 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  28.25 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
344 aa  110  5e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
341 aa  110  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
353 aa  110  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.51 
 
 
361 aa  109  8.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.62 
 
 
348 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.62 
 
 
348 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.62 
 
 
348 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4771  extracellular solute-binding protein family 1  30.97 
 
 
386 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.94 
 
 
348 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.62 
 
 
348 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.62 
 
 
348 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.46 
 
 
345 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
396 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.94 
 
 
348 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
363 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 
359 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
336 aa  106  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 
350 aa  106  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2702  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 
350 aa  105  8e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000144113  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
363 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.51 
 
 
348 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
374 aa  103  3e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
374 aa  103  4e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.69 
 
 
336 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
354 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
340 aa  103  5e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.08 
 
 
359 aa  103  5e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
360 aa  103  6e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
360 aa  102  9e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.74 
 
 
360 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.95 
 
 
366 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
340 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.97 
 
 
357 aa  102  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 
382 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  28.71 
 
 
357 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.8 
 
 
355 aa  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
351 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
357 aa  100  4e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  27.75 
 
 
343 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
341 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3798  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
342 aa  100  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  0.354571 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  28.39 
 
 
339 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  29.32 
 
 
345 aa  99.8  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.55 
 
 
343 aa  99.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  28.96 
 
 
342 aa  99.8  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2168  putative periplasmic binding ABC transporter protein  30.25 
 
 
386 aa  99.4  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198501  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  28.49 
 
 
343 aa  99.4  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
350 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.6 
 
 
377 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1188  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
381 aa  97.8  2e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.43 
 
 
342 aa  98.2  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  27.64 
 
 
360 aa  97.8  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 
341 aa  97.8  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  26.9 
 
 
343 aa  97.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  26.55 
 
 
343 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 
376 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>