More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0323 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
371 aa  761    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3274  extracellular solute-binding protein  54.67 
 
 
375 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2123  hypothetical protein  55.35 
 
 
372 aa  422  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1021  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  53.64 
 
 
375 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
351 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.75 
 
 
377 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.34 
 
 
316 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
349 aa  96.7  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 
349 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
340 aa  94  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
360 aa  93.2  6e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
374 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
382 aa  92.8  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  24.19 
 
 
359 aa  92.8  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.66 
 
 
345 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.67 
 
 
349 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.67 
 
 
349 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
374 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.66 
 
 
345 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
376 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
376 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
376 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.67 
 
 
349 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 
350 aa  91.3  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.33 
 
 
349 aa  90.1  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.36 
 
 
349 aa  89.7  8e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
374 aa  89.7  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 
349 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.41 
 
 
349 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.94 
 
 
353 aa  86.3  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 
363 aa  86.3  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
370 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
354 aa  82.4  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
353 aa  80.5  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  22.47 
 
 
347 aa  78.2  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2031  hypothetical protein  21.26 
 
 
398 aa  76.6  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.28 
 
 
345 aa  76.6  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 
351 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 
366 aa  72.8  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  21.81 
 
 
345 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 
358 aa  72.4  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  20.34 
 
 
367 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7449  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 
391 aa  70.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.266328 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  24.18 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  18.77 
 
 
369 aa  70.5  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 
358 aa  70.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
346 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4758  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.82 
 
 
370 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.263083  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 
398 aa  69.7  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 
375 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  25.99 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.85 
 
 
361 aa  69.7  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  21.22 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  21.84 
 
 
359 aa  68.9  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 
396 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  23.45 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.62 
 
 
358 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  19.82 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  22.43 
 
 
356 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 
346 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  22.47 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4255  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 
344 aa  67.8  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00000172827  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 
353 aa  67.8  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2802  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121875  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
358 aa  67.4  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  21.77 
 
 
363 aa  67  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  23.79 
 
 
412 aa  67  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  19.33 
 
 
367 aa  66.6  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  18.63 
 
 
363 aa  66.2  0.0000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 
364 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 
364 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  21.28 
 
 
367 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  20.06 
 
 
369 aa  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0140  extracellular solute-binding protein  20.7 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
396 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  21.35 
 
 
368 aa  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  21.13 
 
 
363 aa  65.9  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  20.06 
 
 
369 aa  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  20.83 
 
 
345 aa  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  21.14 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  20.06 
 
 
369 aa  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 
383 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  19.05 
 
 
367 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0123  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  20.7 
 
 
364 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  22.96 
 
 
366 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0331  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  20.7 
 
 
364 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.198037  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  21.22 
 
 
372 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 
357 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  19.09 
 
 
369 aa  65.1  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  21.45 
 
 
371 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.33 
 
 
348 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2828  extracellular solute-binding protein  20.7 
 
 
364 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>