More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2372 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
367 aa  762    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4625  extracellular solute-binding protein  79.06 
 
 
361 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147553  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48460  polyamine ABC transporter substrate-binding protein  72.65 
 
 
370 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000115004  normal  0.148867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 
363 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 
359 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.35 
 
 
369 aa  326  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.78 
 
 
369 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  44.69 
 
 
369 aa  323  3e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.04 
 
 
362 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  45.75 
 
 
359 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  44.02 
 
 
366 aa  317  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  43.14 
 
 
367 aa  316  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  43.14 
 
 
367 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  41.62 
 
 
365 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.68 
 
 
369 aa  311  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.68 
 
 
369 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.68 
 
 
369 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  43.33 
 
 
367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.68 
 
 
369 aa  310  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  43.85 
 
 
367 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 
387 aa  309  5e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 
387 aa  309  5e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 
366 aa  309  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  41.01 
 
 
366 aa  308  8e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  43.33 
 
 
367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  41.29 
 
 
366 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.82 
 
 
365 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  41.01 
 
 
366 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.8 
 
 
370 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.46 
 
 
367 aa  306  3e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  40.38 
 
 
365 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 
366 aa  306  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.8 
 
 
370 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 
365 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  42.06 
 
 
366 aa  305  7e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.8 
 
 
370 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  41.8 
 
 
370 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.8 
 
 
370 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.8 
 
 
370 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  41.29 
 
 
366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  41.8 
 
 
370 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.98 
 
 
370 aa  305  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  40.73 
 
 
366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.8 
 
 
370 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.03 
 
 
371 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.86 
 
 
369 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.03 
 
 
371 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  42.13 
 
 
366 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.03 
 
 
371 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.15 
 
 
361 aa  303  3.0000000000000004e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.03 
 
 
371 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.98 
 
 
369 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.53 
 
 
370 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  41.94 
 
 
366 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  42.15 
 
 
367 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.76 
 
 
371 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
366 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.24 
 
 
365 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  40.91 
 
 
367 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
367 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  42.24 
 
 
365 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.31 
 
 
363 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  41.14 
 
 
362 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.8 
 
 
363 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  40.76 
 
 
365 aa  295  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  40.41 
 
 
367 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
370 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  40.79 
 
 
363 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  41.34 
 
 
366 aa  292  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  40.95 
 
 
366 aa  292  6e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  42.12 
 
 
365 aa  292  7e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  40.53 
 
 
371 aa  292  8e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  38.84 
 
 
369 aa  291  9e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  41.19 
 
 
364 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  41.52 
 
 
366 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 
364 aa  290  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  40.29 
 
 
365 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  41.07 
 
 
362 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
364 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
364 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
368 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  41.07 
 
 
362 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  41.86 
 
 
365 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 
364 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 
362 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  40.23 
 
 
364 aa  287  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3523  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 
361 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.401659  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4052  extracellular solute-binding protein  46.78 
 
 
357 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  41.69 
 
 
366 aa  288  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 
366 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
366 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  39.7 
 
 
362 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 
364 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  39.94 
 
 
364 aa  285  7e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.66 
 
 
364 aa  285  8e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  41.4 
 
 
365 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  41.62 
 
 
369 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40 
 
 
367 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 
366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>