More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0281 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  100 
 
 
412 aa  850    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1010  extracellular solute-binding protein family 1  59.09 
 
 
419 aa  498  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227353 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1882  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  53.25 
 
 
413 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  50.24 
 
 
416 aa  395  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1283  twin-arginine translocation pathway signal  46.68 
 
 
420 aa  382  1e-105  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00667141  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  51.22 
 
 
417 aa  375  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1496  extracellular solute-binding protein family 1  33.6 
 
 
401 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4278  extracellular solute-binding protein family 1  34.74 
 
 
389 aa  213  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0915  extracellular solute-binding protein family 1  32.33 
 
 
407 aa  210  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2605  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
396 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111757  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2611  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
396 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.768707  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2566  twin-arginine translocation pathway signal  33.78 
 
 
396 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  33.25 
 
 
393 aa  205  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 
393 aa  189  9e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7093  extracellular solute-binding protein family 1  32.04 
 
 
432 aa  172  9e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.148592 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3229  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 
408 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.712082  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  32.37 
 
 
366 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 
363 aa  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  32.37 
 
 
366 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 
374 aa  138  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  32.05 
 
 
366 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.83 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.59 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.97 
 
 
367 aa  134  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  30.97 
 
 
367 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 
366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 
366 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  30.68 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 
375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
374 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 
401 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  33.99 
 
 
371 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 
383 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 
359 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  30.22 
 
 
345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  30.18 
 
 
367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  30.18 
 
 
367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.73 
 
 
366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
357 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  31.92 
 
 
365 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  29.87 
 
 
345 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  31.92 
 
 
365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 
360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
346 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.38 
 
 
348 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
366 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.38 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  30.38 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.38 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 
366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.38 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  30.38 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.38 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.38 
 
 
360 aa  127  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.91 
 
 
345 aa  126  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 
364 aa  126  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.42 
 
 
348 aa  126  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.03 
 
 
348 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.41 
 
 
364 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 
364 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
364 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
367 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 
364 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
367 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 
370 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
366 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
365 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  29.18 
 
 
369 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.8 
 
 
343 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
354 aa  124  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 
367 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  30.41 
 
 
367 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  32.31 
 
 
371 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.03 
 
 
348 aa  124  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
364 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
363 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
365 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  29.34 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  30.5 
 
 
341 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  28.65 
 
 
347 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  31.2 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
364 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 
367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.36 
 
 
347 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 
368 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  31.4 
 
 
368 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>