284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1021 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1021  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  100 
 
 
375 aa  777    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2123  hypothetical protein  77.45 
 
 
372 aa  584  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3274  extracellular solute-binding protein  67.47 
 
 
375 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  56.42 
 
 
371 aa  412  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
374 aa  97.8  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.62 
 
 
377 aa  89.4  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
340 aa  87.4  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
370 aa  87  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
376 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
374 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
376 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
376 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 
374 aa  86.3  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 
382 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.03 
 
 
316 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2031  hypothetical protein  22.29 
 
 
398 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.38 
 
 
358 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 
350 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
351 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 
363 aa  75.9  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.45 
 
 
353 aa  73.6  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.59 
 
 
345 aa  72.4  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  21.43 
 
 
357 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.34 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.34 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.34 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.34 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.34 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.05 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 
346 aa  70.1  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  22.48 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.96 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.74 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
360 aa  68.2  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  21.17 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 
359 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  20.48 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 
341 aa  67  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  20.2 
 
 
345 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
364 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 
369 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
355 aa  64.3  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  23.33 
 
 
374 aa  64.3  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 
373 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  21.4 
 
 
359 aa  63.9  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.15 
 
 
369 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  21.5 
 
 
357 aa  64.3  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.65 
 
 
369 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
364 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 
382 aa  63.5  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
364 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
364 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  22.46 
 
 
372 aa  63.5  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.85 
 
 
364 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
342 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 
342 aa  62.8  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
364 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 
364 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  23.73 
 
 
353 aa  61.6  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  19.8 
 
 
345 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 
364 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.32 
 
 
370 aa  61.2  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 
398 aa  60.8  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  23.1 
 
 
369 aa  60.5  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 
373 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 
375 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  21.54 
 
 
344 aa  60.5  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  20.38 
 
 
340 aa  60.1  0.00000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.49 
 
 
373 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.94 
 
 
369 aa  59.7  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.94 
 
 
369 aa  59.7  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.94 
 
 
369 aa  59.7  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 
367 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.76 
 
 
369 aa  58.9  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  23.49 
 
 
369 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.9 
 
 
361 aa  59.3  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.31 
 
 
375 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.17 
 
 
406 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 
368 aa  58.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.17 
 
 
409 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  23.17 
 
 
373 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  21.77 
 
 
367 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  21.8 
 
 
391 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.47 
 
 
373 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 
364 aa  57.4  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
373 aa  57.4  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  21.43 
 
 
367 aa  57  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  22.74 
 
 
383 aa  57  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  20.89 
 
 
343 aa  57  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  20.89 
 
 
343 aa  56.6  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  23.31 
 
 
370 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  22.82 
 
 
340 aa  56.2  0.0000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  23.31 
 
 
370 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  23.31 
 
 
370 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  25.73 
 
 
412 aa  55.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 
371 aa  55.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  23.78 
 
 
373 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>