More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2444 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
401 aa  810    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  48.23 
 
 
405 aa  339  5.9999999999999996e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  41.79 
 
 
386 aa  263  4e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  39.6 
 
 
389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  38.37 
 
 
383 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  37.6 
 
 
402 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.37 
 
 
381 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 
383 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  38.26 
 
 
384 aa  235  9e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.15 
 
 
381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 
381 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 
386 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.31 
 
 
381 aa  233  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  36.87 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  36.87 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.87 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  36.87 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.59 
 
 
381 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 
381 aa  232  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
383 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 
383 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
383 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 
386 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  37.34 
 
 
386 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  36.84 
 
 
386 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  35.31 
 
 
414 aa  189  8e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  31.97 
 
 
443 aa  170  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.2 
 
 
353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  27.79 
 
 
388 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
364 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
364 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
364 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
364 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.71 
 
 
364 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.86 
 
 
484 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 
364 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
364 aa  89.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.87 
 
 
364 aa  87.8  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.87 
 
 
364 aa  87.8  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.87 
 
 
364 aa  87.8  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
396 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.71 
 
 
377 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.06 
 
 
356 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.96 
 
 
373 aa  87  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.84 
 
 
372 aa  86.7  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
374 aa  86.3  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.58 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
374 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.58 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.58 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.99 
 
 
366 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
371 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 
396 aa  84.7  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.06 
 
 
409 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.06 
 
 
406 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  27.06 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.17 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
366 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.33 
 
 
391 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
363 aa  82.4  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  26.72 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  25.91 
 
 
372 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.54 
 
 
372 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  26.45 
 
 
373 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.09 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
340 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  27.3 
 
 
365 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  27.85 
 
 
351 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.85 
 
 
361 aa  78.6  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  27.3 
 
 
365 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
346 aa  77  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
358 aa  77  0.0000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 
382 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
384 aa  76.3  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  21.85 
 
 
360 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.42 
 
 
349 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.12 
 
 
349 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.6 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.6 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.6 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.3 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.3 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
344 aa  73.9  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>