More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1734 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  98.16 
 
 
381 aa  781    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  98.16 
 
 
381 aa  781    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  98.16 
 
 
381 aa  781    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  90.03 
 
 
381 aa  722    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  97.9 
 
 
381 aa  780    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  97.9 
 
 
381 aa  780    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  98.43 
 
 
381 aa  782    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
381 aa  794    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  83.6 
 
 
384 aa  655    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  97.64 
 
 
381 aa  777    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  76 
 
 
383 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  75.2 
 
 
383 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  74.87 
 
 
383 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  74.14 
 
 
381 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  74.4 
 
 
383 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  69.52 
 
 
383 aa  514  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  64.63 
 
 
386 aa  509  1e-143  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  65.38 
 
 
386 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  65.11 
 
 
386 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  60.88 
 
 
386 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  63.97 
 
 
402 aa  498  1e-140  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  61.4 
 
 
386 aa  499  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  58.63 
 
 
389 aa  444  1.0000000000000001e-124  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 
405 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  37.5 
 
 
401 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  35.54 
 
 
414 aa  212  7e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.97 
 
 
443 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  32.9 
 
 
388 aa  157  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
351 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.04 
 
 
353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
361 aa  96.3  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.72 
 
 
367 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  28.38 
 
 
382 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  25.5 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 
367 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  29.77 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  27.4 
 
 
365 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  26.42 
 
 
365 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 
373 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.09 
 
 
362 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
371 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.44 
 
 
372 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  23.71 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0340  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
352 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.988078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
367 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.44 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 
350 aa  83.6  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
365 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.86 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
367 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.34 
 
 
373 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
370 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1283  twin-arginine translocation pathway signal  28.25 
 
 
420 aa  81.6  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00667141  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.18 
 
 
363 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.46 
 
 
370 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 
366 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 
374 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
365 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
396 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.82 
 
 
363 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27 
 
 
369 aa  80.1  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  27.67 
 
 
351 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 
342 aa  79.3  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.84 
 
 
365 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 
364 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
365 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  25.08 
 
 
373 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.17 
 
 
406 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.17 
 
 
409 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.76 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.12 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  25.18 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.12 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.12 
 
 
371 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.12 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
365 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.12 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 
363 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  22.58 
 
 
340 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.16 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.17 
 
 
391 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
369 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
362 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.76 
 
 
370 aa  77  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  24.93 
 
 
367 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.76 
 
 
370 aa  77  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  25.76 
 
 
370 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  24.93 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>