More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3723 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
386 aa  805    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  86.53 
 
 
386 aa  712    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  81.35 
 
 
386 aa  675    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  97.15 
 
 
386 aa  785    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  69.61 
 
 
383 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  66.23 
 
 
402 aa  551  1e-156  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  69.95 
 
 
381 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  69.17 
 
 
383 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  70.03 
 
 
383 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  68.65 
 
 
383 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  66.76 
 
 
384 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  64.3 
 
 
381 aa  516  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  65.66 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  65.66 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.66 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  65.66 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.66 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  65.66 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.11 
 
 
381 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  65.69 
 
 
386 aa  509  1e-143  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.38 
 
 
381 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  63.54 
 
 
383 aa  502  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  61.48 
 
 
389 aa  466  9.999999999999999e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 
405 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  38.57 
 
 
401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  35.65 
 
 
414 aa  209  8e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  33.87 
 
 
388 aa  168  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.09 
 
 
443 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.18 
 
 
353 aa  126  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
373 aa  95.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.38 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 
369 aa  84  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.58 
 
 
369 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
367 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.35 
 
 
367 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 
400 aa  81.6  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  27.09 
 
 
351 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
371 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
371 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
371 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.48 
 
 
374 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  26.35 
 
 
365 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 
357 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
371 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 
373 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.03 
 
 
369 aa  79.7  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.07 
 
 
370 aa  79.7  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
371 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
371 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.63 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.61 
 
 
370 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  25.45 
 
 
365 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
364 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  23.15 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
366 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.28 
 
 
370 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.35 
 
 
372 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.04 
 
 
360 aa  76.3  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.62 
 
 
369 aa  76.3  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
401 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  26.81 
 
 
365 aa  75.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  22.97 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
359 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.51 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.51 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.51 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.51 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.6 
 
 
345 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  21.88 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 
364 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.51 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  24.67 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  26.26 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  23.87 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
363 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 
373 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
355 aa  74.3  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  26.26 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  26.99 
 
 
364 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
367 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 
357 aa  73.6  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
366 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>