More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2045 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  98.37 
 
 		 367 aa  740    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 367 aa  753    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  98.37 
 
 		 367 aa  742    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.41 
 
 		 369 aa  347  2e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 		 366 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  46.89 
 
 		 364 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  46.33 
 
 		 364 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 		 364 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  45.48 
 
 		 401 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  44.26 
 
 		 366 aa  341  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.58 
 
 		 369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.89 
 
 		 369 aa  338  7e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  43.75 
 
 		 367 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.87 
 
 		 363 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  45.07 
 
 		 362 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  43.48 
 
 		 367 aa  336  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  45.63 
 
 		 362 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  45.63 
 
 		 362 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  43.78 
 
 		 369 aa  335  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.87 
 
 		 363 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  45.99 
 
 		 365 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  45.35 
 
 		 362 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  44.17 
 
 		 366 aa  332  9e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  44.84 
 
 		 362 aa  332  9e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 		 366 aa  331  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  43.68 
 
 		 365 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 		 364 aa  331  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  44.93 
 
 		 363 aa  331  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 369 aa  330  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  45.4 
 
 		 371 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.2 
 
 		 371 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.2 
 
 		 371 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.2 
 
 		 371 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  43.92 
 
 		 370 aa  329  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.2 
 
 		 371 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 		 362 aa  329  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 370 aa  329  4e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 370 aa  329  6e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.2 
 
 		 369 aa  328  6e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 370 aa  328  7e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 370 aa  328  9e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 370 aa  328  9e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  43.92 
 
 		 370 aa  328  9e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 370 aa  328  9e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.65 
 
 		 370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  43.8 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.92 
 
 		 371 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  43.26 
 
 		 375 aa  327  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  42.47 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 		 366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 		 364 aa  325  5e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  45.17 
 
 		 363 aa  326  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.65 
 
 		 369 aa  325  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.65 
 
 		 369 aa  325  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.65 
 
 		 369 aa  325  6e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 		 366 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 		 387 aa  325  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 		 387 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 		 387 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  41.71 
 
 		 361 aa  323  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  43.68 
 
 		 370 aa  324  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  43.61 
 
 		 365 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  44.05 
 
 		 365 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  45.37 
 
 		 374 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  43.16 
 
 		 368 aa  323  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  43.25 
 
 		 366 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.54 
 
 		 370 aa  322  5e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  44.97 
 
 		 367 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  43.62 
 
 		 365 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.53 
 
 		 367 aa  320  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  43.06 
 
 		 365 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  42.77 
 
 		 362 aa  320  3e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 		 366 aa  320  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  42.17 
 
 		 366 aa  319  5e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 		 361 aa  319  6e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.37 
 
 		 366 aa  318  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  42.23 
 
 		 367 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.09 
 
 		 369 aa  316  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  44.23 
 
 		 369 aa  316  3e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.79 
 
 		 367 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  45.24 
 
 		 359 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1850  extracellular solute-binding protein  45.43 
 
 		 366 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.954804  decreased coverage  0.00256216 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  42.9 
 
 		 366 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  43.38 
 
 		 367 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  41.53 
 
 		 371 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  42.03 
 
 		 364 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 		 371 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  42.31 
 
 		 367 aa  313  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 365 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  44.08 
 
 		 365 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  41.42 
 
 		 365 aa  311  9e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  42.09 
 
 		 371 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.03 
 
 		 367 aa  311  1e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.79 
 
 		 365 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  41.42 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  41.42 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  41.14 
 
 		 365 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 365 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  42.6 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  42.03 
 
 		 364 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>