More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2187 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  81.35 
 
 
386 aa  675    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  81.61 
 
 
386 aa  674    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
386 aa  806    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  80.31 
 
 
386 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  68.52 
 
 
402 aa  551  1e-155  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  67.64 
 
 
383 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  65.19 
 
 
383 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  67.64 
 
 
383 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  68.17 
 
 
383 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  67.64 
 
 
381 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  65.6 
 
 
386 aa  518  1e-146  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  64.05 
 
 
384 aa  518  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  61.92 
 
 
381 aa  515  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  61.4 
 
 
381 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  61.4 
 
 
381 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  61.4 
 
 
381 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  61.4 
 
 
381 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.14 
 
 
381 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.14 
 
 
381 aa  504  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.4 
 
 
381 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.88 
 
 
381 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  61.58 
 
 
383 aa  494  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  60.93 
 
 
389 aa  473  1e-132  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 
405 aa  288  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  38.57 
 
 
401 aa  223  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  37.09 
 
 
414 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.3 
 
 
443 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  29.25 
 
 
388 aa  153  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 
351 aa  139  8.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.19 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
361 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.3 
 
 
370 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.77 
 
 
369 aa  89.7  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 
400 aa  88.6  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.57 
 
 
370 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.36 
 
 
367 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.46 
 
 
369 aa  86.7  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  25.59 
 
 
365 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 
367 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
370 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  27.27 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 
370 aa  85.5  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.36 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  23.36 
 
 
362 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.38 
 
 
369 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.38 
 
 
369 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.38 
 
 
369 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.67 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.67 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.67 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.67 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  25.29 
 
 
365 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.67 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 
364 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
364 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
360 aa  82  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.17 
 
 
369 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  22.74 
 
 
365 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.46 
 
 
369 aa  80.9  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 
366 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
363 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
365 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  25 
 
 
367 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.79 
 
 
364 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 
364 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
361 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
362 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.07 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  22.45 
 
 
364 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
363 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  21.65 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  22.45 
 
 
364 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.33 
 
 
369 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 
364 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 
350 aa  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 
356 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  25.69 
 
 
369 aa  78.2  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.89 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.33 
 
 
360 aa  77.4  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 
355 aa  77.4  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  24.55 
 
 
367 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
371 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 
371 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
364 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
371 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
362 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.18 
 
 
371 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  24.55 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>