More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3423 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  80.31 
 
 
386 aa  665    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  86.27 
 
 
386 aa  710    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
386 aa  804    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  97.15 
 
 
386 aa  785    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  69.35 
 
 
383 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  68.83 
 
 
381 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  68.05 
 
 
383 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  68.57 
 
 
383 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  68.72 
 
 
402 aa  543  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  68.31 
 
 
383 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  64.3 
 
 
381 aa  514  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  66.48 
 
 
384 aa  516  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  64.29 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  64.29 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  64.29 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  64.06 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  64.29 
 
 
381 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  64.29 
 
 
381 aa  512  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  64.02 
 
 
381 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.38 
 
 
381 aa  508  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  65.16 
 
 
386 aa  507  9.999999999999999e-143  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  63.4 
 
 
383 aa  495  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  60.54 
 
 
389 aa  459  9.999999999999999e-129  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  43.96 
 
 
405 aa  295  1e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  38.04 
 
 
401 aa  215  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  35.38 
 
 
414 aa  206  4e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  34.84 
 
 
388 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.36 
 
 
443 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 
351 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.83 
 
 
353 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
373 aa  90.9  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.42 
 
 
370 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.58 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
361 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.53 
 
 
367 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 
369 aa  81.3  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.89 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.59 
 
 
370 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.59 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.16 
 
 
374 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.52 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
373 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.67 
 
 
371 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 
400 aa  77.8  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.67 
 
 
371 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  27.11 
 
 
365 aa  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.67 
 
 
371 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.67 
 
 
371 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 
363 aa  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  26.67 
 
 
365 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
371 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.85 
 
 
371 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.62 
 
 
369 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 
371 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.71 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  25.6 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.54 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.54 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.65 
 
 
372 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.54 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24 
 
 
369 aa  76.3  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 
342 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 
351 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 
372 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
364 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 
372 aa  74.7  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.94 
 
 
360 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  21.88 
 
 
348 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
401 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.35 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  25.62 
 
 
359 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
365 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.16 
 
 
367 aa  73.6  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
359 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
359 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  26.99 
 
 
364 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  23.36 
 
 
344 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
364 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  23 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  23.48 
 
 
373 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.5 
 
 
365 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  26.54 
 
 
367 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
365 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>