More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1048 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  87.14 
 
 
381 aa  697    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  87.73 
 
 
383 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  85.64 
 
 
383 aa  684    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
383 aa  792    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  87.47 
 
 
383 aa  701    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  76.27 
 
 
381 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  76.27 
 
 
381 aa  608  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  76.53 
 
 
381 aa  608  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  78.39 
 
 
384 aa  609  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  76.27 
 
 
381 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  76 
 
 
381 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  76 
 
 
381 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  76 
 
 
381 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  75.73 
 
 
381 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  75.47 
 
 
381 aa  601  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  69.09 
 
 
386 aa  559  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  69.35 
 
 
386 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  69.61 
 
 
386 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  65.19 
 
 
386 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  66.05 
 
 
383 aa  528  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  67.29 
 
 
386 aa  523  1e-147  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  63.14 
 
 
402 aa  521  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  62.67 
 
 
389 aa  477  1e-133  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  45.18 
 
 
405 aa  299  5e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  38.37 
 
 
401 aa  223  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  37.05 
 
 
414 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.85 
 
 
443 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  30.2 
 
 
388 aa  169  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.56 
 
 
353 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
361 aa  98.6  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
373 aa  97.1  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.44 
 
 
369 aa  96.3  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  29 
 
 
342 aa  96.3  8e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0340  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
352 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.988078 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.66 
 
 
369 aa  94  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.03 
 
 
370 aa  92.8  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.3 
 
 
370 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
369 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.08 
 
 
370 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.4 
 
 
369 aa  92  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.99 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  28.29 
 
 
370 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
370 aa  90.9  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
382 aa  90.9  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.99 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  27.99 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.99 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.32 
 
 
362 aa  90.9  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.36 
 
 
369 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.36 
 
 
369 aa  90.5  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.36 
 
 
369 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.22 
 
 
369 aa  89.7  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
373 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
365 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
364 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 
369 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 
363 aa  88.2  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
364 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.03 
 
 
345 aa  87.8  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  27.74 
 
 
365 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
344 aa  87.4  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
371 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.92 
 
 
364 aa  87  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
369 aa  87  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
371 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
371 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
371 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.26 
 
 
367 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 
371 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
364 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0386  periplasmic polyamine binding protein  25.44 
 
 
353 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  27.27 
 
 
365 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.58 
 
 
365 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
365 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 
365 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.89 
 
 
336 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.59 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
364 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 
345 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03855  periplasmic polyamine binding protein  24.73 
 
 
353 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2862  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
386 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6418  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
370 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 
372 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
336 aa  84.3  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
364 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
364 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.3 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  27.04 
 
 
369 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.92 
 
 
372 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
367 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
351 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
371 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
371 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.61 
 
 
484 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>