More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3216 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 405 aa  822    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  47.77 
 
 		 401 aa  314  9.999999999999999e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  44.23 
 
 		 386 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  45.18 
 
 		 383 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  43.99 
 
 		 389 aa  300  4e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  44.35 
 
 		 402 aa  298  8e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  43.96 
 
 		 386 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  44.38 
 
 		 386 aa  294  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  43.32 
 
 		 383 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  44.23 
 
 		 381 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  44.05 
 
 		 384 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 		 383 aa  289  5.0000000000000004e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 		 386 aa  289  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  44.04 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  44.04 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.04 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  44.04 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.04 
 
 		 381 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  42.58 
 
 		 386 aa  286  4e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  43.41 
 
 		 383 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 		 381 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  43.68 
 
 		 383 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.49 
 
 		 381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.21 
 
 		 381 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 381 aa  280  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  38.95 
 
 		 414 aa  256  6e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  31.4 
 
 		 443 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  33.24 
 
 		 388 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.5 
 
 		 353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 396 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 373 aa  100  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 396 aa  99.4  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 363 aa  97.4  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 374 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 		 400 aa  88.2  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.93 
 
 		 349 aa  87  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.56 
 
 		 377 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.93 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.87 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 349 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 382 aa  82.8  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  23.27 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.16 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 342 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0352  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000218396  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 357 aa  78.2  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.03 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.05 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 361 aa  77  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.89 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  27.48 
 
 		 412 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  24.2 
 
 		 383 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  25.48 
 
 		 374 aa  76.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  27.61 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  24.38 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3861  hypothetical protein  27.97 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0902181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 384 aa  73.6  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.77 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  23.67 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  21.66 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 354 aa  73.6  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 382 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  22.7 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 		 342 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.51 
 
 		 347 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 349 aa  72  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  22.99 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>