More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3145 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 350 aa  729    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  51.48 
 
 		 347 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  49.85 
 
 		 350 aa  357  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  47.4 
 
 		 343 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  47.13 
 
 		 343 aa  320  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  47.2 
 
 		 343 aa  315  7e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  47.2 
 
 		 452 aa  315  7e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  46.61 
 
 		 341 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  39.13 
 
 		 344 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.24 
 
 		 342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  39.35 
 
 		 345 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 		 368 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 		 369 aa  192  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  34.46 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  34.99 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  34.46 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  32.23 
 
 		 382 aa  190  4e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  32.6 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  32.47 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  34.16 
 
 		 341 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4758  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.15 
 
 		 370 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.263083  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  34.16 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 		 367 aa  186  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  35.4 
 
 		 376 aa  186  7e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  31.88 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  31.25 
 
 		 366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.34 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.22 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.07 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.61 
 
 		 367 aa  183  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  36.04 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  32.75 
 
 		 347 aa  182  6e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  32.27 
 
 		 345 aa  182  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1378  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 339 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303939  normal  0.180418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 401 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.55 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  33.63 
 
 		 365 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 		 366 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  33.88 
 
 		 368 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  32.56 
 
 		 345 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.15 
 
 		 363 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.49 
 
 		 363 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  32.04 
 
 		 364 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.79 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 		 362 aa  178  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  30.33 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 		 364 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.65 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 		 396 aa  176  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 371 aa  176  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  32.92 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.98 
 
 		 371 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 		 363 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 364 aa  176  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 366 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  30.13 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.27 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 		 366 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 374 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  30.81 
 
 		 366 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.77 
 
 		 355 aa  172  5e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  29.87 
 
 		 373 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 363 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  32.25 
 
 		 362 aa  172  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  31.86 
 
 		 372 aa  171  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  31.45 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 		 374 aa  172  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  32.44 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  33.57 
 
 		 396 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 366 aa  170  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  32.93 
 
 		 365 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  33.55 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.23 
 
 		 348 aa  169  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  35.79 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  30.12 
 
 		 359 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 		 364 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.19 
 
 		 366 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 370 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  35.77 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 366 aa  169  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 371 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>