More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3360 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  81.94 
 
 		 371 aa  640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 371 aa  763    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  88.65 
 
 		 370 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  79.67 
 
 		 371 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  75.47 
 
 		 368 aa  586  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  78.59 
 
 		 371 aa  587  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  75.21 
 
 		 371 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  60.27 
 
 		 364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  57.95 
 
 		 371 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  59.04 
 
 		 367 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  59.04 
 
 		 367 aa  444  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  58.76 
 
 		 367 aa  443  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  59.06 
 
 		 365 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  56.45 
 
 		 366 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  58.31 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  58.77 
 
 		 365 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  57.6 
 
 		 365 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  58.65 
 
 		 365 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  58.02 
 
 		 375 aa  421  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  56.27 
 
 		 367 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  55.43 
 
 		 368 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  56.56 
 
 		 367 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  54.9 
 
 		 362 aa  391  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 		 369 aa  381  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 387 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.96 
 
 		 369 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.32 
 
 		 369 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.41 
 
 		 369 aa  378  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.32 
 
 		 369 aa  380  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.32 
 
 		 369 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 387 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 387 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  50.82 
 
 		 367 aa  378  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.77 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  51.4 
 
 		 366 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  49.86 
 
 		 366 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  50.82 
 
 		 367 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  48.77 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.77 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.77 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.04 
 
 		 369 aa  376  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.11 
 
 		 370 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  48.77 
 
 		 370 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  52.1 
 
 		 367 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.77 
 
 		 370 aa  374  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.5 
 
 		 370 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  49.73 
 
 		 366 aa  374  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.3 
 
 		 370 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.5 
 
 		 370 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  51.83 
 
 		 365 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  51.97 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  50.14 
 
 		 401 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  51.12 
 
 		 366 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  50.56 
 
 		 366 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.36 
 
 		 369 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  48.9 
 
 		 365 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.96 
 
 		 371 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  50.84 
 
 		 366 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  50.84 
 
 		 366 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.23 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  51.92 
 
 		 366 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  50.84 
 
 		 366 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  48.62 
 
 		 365 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.23 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  51.37 
 
 		 366 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  50.88 
 
 		 366 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  50.27 
 
 		 369 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.23 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  49.06 
 
 		 364 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  51.32 
 
 		 364 aa  364  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  52.52 
 
 		 371 aa  364  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  49.06 
 
 		 364 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.96 
 
 		 371 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  49.01 
 
 		 365 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  48.79 
 
 		 364 aa  362  8e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  49.04 
 
 		 370 aa  361  9e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  51.32 
 
 		 374 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.73 
 
 		 365 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  48.65 
 
 		 375 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  47.98 
 
 		 364 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  51.16 
 
 		 365 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  51.16 
 
 		 365 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 363 aa  359  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  51.16 
 
 		 365 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  47.35 
 
 		 359 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  51.16 
 
 		 365 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  47.08 
 
 		 359 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  47.66 
 
 		 363 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 		 362 aa  352  8e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  48.31 
 
 		 365 aa  350  3e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  46.78 
 
 		 361 aa  348  6e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  46.58 
 
 		 363 aa  348  6e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  47.81 
 
 		 367 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  47.81 
 
 		 367 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.12 
 
 		 363 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  47.93 
 
 		 359 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  46.83 
 
 		 363 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.09 
 
 		 369 aa  345  5e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  47.83 
 
 		 367 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  46.47 
 
 		 368 aa  343  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>