More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2036 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  100 
 
 
342 aa  707    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  37.72 
 
 
344 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  37.24 
 
 
350 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 
350 aa  231  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  37.36 
 
 
347 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.94 
 
 
343 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  30.68 
 
 
341 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  30.15 
 
 
343 aa  189  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  30.15 
 
 
343 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  30.15 
 
 
452 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  30.57 
 
 
350 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
341 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
396 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
366 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
366 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  30.52 
 
 
366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 
396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  30.03 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.04 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  31.05 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1378  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
339 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303939  normal  0.180418 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  30.68 
 
 
366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  30.77 
 
 
339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
354 aa  162  6e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  29.23 
 
 
365 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
364 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 
366 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
387 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
362 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
387 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  29.41 
 
 
365 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.14 
 
 
367 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 
349 aa  161  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
387 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.33 
 
 
369 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.66 
 
 
361 aa  160  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  28.13 
 
 
368 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
365 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
364 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
366 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.7 
 
 
345 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.64 
 
 
371 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  31.46 
 
 
345 aa  155  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.6 
 
 
363 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.74 
 
 
361 aa  155  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  33.11 
 
 
364 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
366 aa  155  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  31.43 
 
 
360 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  31.79 
 
 
360 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
364 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
366 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.43 
 
 
345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 
371 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.21 
 
 
364 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  32.61 
 
 
347 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.97 
 
 
363 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.97 
 
 
364 aa  153  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 
366 aa  153  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.97 
 
 
364 aa  153  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  28.97 
 
 
364 aa  153  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  31.15 
 
 
345 aa  153  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.98 
 
 
363 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.33 
 
 
364 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.09 
 
 
348 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.97 
 
 
364 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.97 
 
 
364 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.43 
 
 
345 aa  152  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.09 
 
 
484 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.69 
 
 
369 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
364 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.1 
 
 
356 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
364 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
364 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
362 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  29.81 
 
 
367 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.97 
 
 
363 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
371 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  31.02 
 
 
345 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  30.74 
 
 
359 aa  150  3e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 
373 aa  150  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
367 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
363 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  29.53 
 
 
367 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
370 aa  149  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  27.42 
 
 
369 aa  149  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 
367 aa  150  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.84 
 
 
348 aa  149  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
365 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  33.45 
 
 
362 aa  149  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.09 
 
 
366 aa  149  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
374 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.13 
 
 
369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>