More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2397 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  99.38 
 
 
341 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  100 
 
 
339 aa  688    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1378  extracellular solute-binding protein  92.33 
 
 
339 aa  633  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303939  normal  0.180418 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  54.84 
 
 
341 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  37.5 
 
 
344 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  38.46 
 
 
347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 
350 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
350 aa  188  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  35.44 
 
 
342 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.93 
 
 
341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  31.29 
 
 
343 aa  179  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.95 
 
 
343 aa  179  8e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  30.99 
 
 
343 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.17 
 
 
369 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  30.99 
 
 
452 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  34.53 
 
 
346 aa  176  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.62 
 
 
369 aa  176  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 
367 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  33.52 
 
 
369 aa  172  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.8 
 
 
345 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.37 
 
 
369 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.62 
 
 
367 aa  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.57 
 
 
342 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  34.62 
 
 
341 aa  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  33.33 
 
 
367 aa  170  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.27 
 
 
369 aa  169  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.27 
 
 
369 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  34.88 
 
 
345 aa  169  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  32.3 
 
 
359 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.27 
 
 
369 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 
396 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 
396 aa  169  6e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.24 
 
 
369 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
365 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  32.2 
 
 
360 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  32.48 
 
 
345 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  35.05 
 
 
357 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.96 
 
 
369 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  32.38 
 
 
347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  32.17 
 
 
345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  33.24 
 
 
345 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 
364 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  32.88 
 
 
382 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.94 
 
 
348 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
345 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
368 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  32.39 
 
 
360 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  31.49 
 
 
371 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  32.84 
 
 
365 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 
365 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  34.63 
 
 
373 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 
365 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.14 
 
 
365 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  33.88 
 
 
346 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
369 aa  160  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 
362 aa  160  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  30.51 
 
 
361 aa  159  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.69 
 
 
370 aa  159  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  33.22 
 
 
363 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.18 
 
 
364 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
401 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
366 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  33.15 
 
 
370 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
364 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  32.15 
 
 
365 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 
354 aa  157  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
365 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 
364 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
364 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.4 
 
 
370 aa  155  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  33.06 
 
 
371 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.12 
 
 
370 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.12 
 
 
370 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  32.12 
 
 
370 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.12 
 
 
370 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  33.43 
 
 
365 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.12 
 
 
370 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  32.12 
 
 
370 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.12 
 
 
370 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
366 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  32.39 
 
 
364 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.12 
 
 
370 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 
340 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  32.74 
 
 
365 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.84 
 
 
371 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.84 
 
 
371 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.84 
 
 
371 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.84 
 
 
371 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 
374 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
364 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 
366 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
364 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  33.1 
 
 
342 aa  152  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  31.69 
 
 
365 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
364 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
366 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.16 
 
 
372 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
364 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  30.9 
 
 
367 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  30.9 
 
 
367 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>