More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1091 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  95.54 
 
 		 381 aa  753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  87.73 
 
 		 383 aa  702    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  97.13 
 
 		 383 aa  770    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 383 aa  790    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  94.52 
 
 		 383 aa  753    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  78.39 
 
 		 384 aa  610  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  74.02 
 
 		 381 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  74.02 
 
 		 381 aa  598  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  74.02 
 
 		 381 aa  598  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  74.02 
 
 		 381 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  74.02 
 
 		 381 aa  597  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  73.75 
 
 		 381 aa  596  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  73.75 
 
 		 381 aa  597  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  75.2 
 
 		 381 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  76.45 
 
 		 381 aa  594  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  69.5 
 
 		 386 aa  548  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  69.17 
 
 		 386 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  68.05 
 
 		 386 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  67.64 
 
 		 386 aa  535  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  64.74 
 
 		 383 aa  519  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  64.47 
 
 		 402 aa  520  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  66.4 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  63.22 
 
 		 389 aa  479  1e-134  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  43.41 
 
 		 405 aa  285  8e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  38.16 
 
 		 414 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  37.5 
 
 		 401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  31.18 
 
 		 443 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1032  extracellular solute-binding protein family 1  30.2 
 
 		 388 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.48 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 351 aa  132  7.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 373 aa  112  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 361 aa  103  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  28.01 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  27.33 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.44 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 363 aa  100  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  29.39 
 
 		 369 aa  99.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 365 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.44 
 
 		 369 aa  98.2  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.76 
 
 		 365 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 365 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 396 aa  96.7  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.53 
 
 		 370 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.63 
 
 		 369 aa  96.3  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.71 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.63 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 365 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.3 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.71 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.71 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.63 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.71 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  27.71 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.88 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 373 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  27.8 
 
 		 382 aa  94  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 372 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 364 aa  93.6  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.69 
 
 		 369 aa  93.6  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 366 aa  92.4  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  25.08 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 373 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.62 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.62 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.62 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.62 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 364 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.62 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.97 
 
 		 362 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 364 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 370 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0340  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.988078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.27 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.25 
 
 		 364 aa  90.5  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.57 
 
 		 367 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 		 351 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 396 aa  89.7  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.08 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.66 
 
 		 373 aa  89.7  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 362 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 371 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 371 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 371 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.06 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.24 
 
 		 336 aa  88.6  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.34 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 		 342 aa  89  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.06 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.06 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 372 aa  88.2  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 371 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>