More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5285 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  100 
 
 
360 aa  740    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.3 
 
 
353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 
358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
363 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.6 
 
 
345 aa  106  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 
384 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
366 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 
356 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  29.59 
 
 
351 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 
345 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  29.97 
 
 
349 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.71 
 
 
345 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2168  putative periplasmic binding ABC transporter protein  28.12 
 
 
386 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198501  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.58 
 
 
345 aa  97.4  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3040  ABC permidine/putrescine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.7 
 
 
385 aa  97.4  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 
383 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3886  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
358 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.33 
 
 
347 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3767  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
385 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.64 
 
 
347 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
340 aa  93.6  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
363 aa  93.6  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
364 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4771  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 
386 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
400 aa  92.4  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8146  spermidine/putrescine binding protein of ABC transporter  30.24 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00458388  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.01 
 
 
377 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.75 
 
 
348 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
396 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
396 aa  90.1  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
374 aa  89.7  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
370 aa  89.4  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  27.72 
 
 
365 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
359 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3222  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
355 aa  89  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
387 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  28.01 
 
 
347 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.48 
 
 
363 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
387 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  27.57 
 
 
359 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 
350 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  27.21 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.87 
 
 
363 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.72 
 
 
348 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
365 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
354 aa  87.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.24 
 
 
361 aa  87.8  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
387 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
348 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
348 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.25 
 
 
343 aa  87.8  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
359 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
366 aa  87.4  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.7 
 
 
370 aa  87  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 
353 aa  86.7  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
360 aa  86.7  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.25 
 
 
370 aa  86.3  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
349 aa  86.3  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.25 
 
 
370 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.25 
 
 
370 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.25 
 
 
370 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.52 
 
 
360 aa  86.3  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  27.25 
 
 
370 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 
370 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.25 
 
 
370 aa  85.9  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.25 
 
 
370 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.71 
 
 
367 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
358 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
374 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  25.28 
 
 
340 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 
365 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.3 
 
 
365 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  25.19 
 
 
340 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  27.5 
 
 
359 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 
389 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
374 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.38 
 
 
370 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
365 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 
414 aa  83.6  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
342 aa  83.6  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.22 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.22 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
361 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
358 aa  82.8  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.22 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>