More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4771 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4771  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
386 aa  797    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2168  putative periplasmic binding ABC transporter protein  80.57 
 
 
386 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198501  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  57.85 
 
 
384 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3040  ABC permidine/putrescine transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.29 
 
 
385 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3767  extracellular solute-binding protein  57.03 
 
 
385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
363 aa  168  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  33.53 
 
 
345 aa  166  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 
396 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
360 aa  159  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  31.89 
 
 
357 aa  159  6e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  31.75 
 
 
396 aa  159  9e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
353 aa  157  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
366 aa  156  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.87 
 
 
357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  34.63 
 
 
363 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  31.25 
 
 
357 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  28.96 
 
 
349 aa  147  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  30.9 
 
 
355 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 
363 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  30.15 
 
 
355 aa  145  1e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.84 
 
 
357 aa  145  1e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
350 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  31.05 
 
 
345 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.93 
 
 
359 aa  145  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  144  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  143  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
345 aa  143  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  143  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  143  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  143  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
349 aa  143  6e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  30.07 
 
 
345 aa  143  6e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.74 
 
 
349 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  29.41 
 
 
347 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 
368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  30.07 
 
 
345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.81 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  30.73 
 
 
371 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 
382 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 
365 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 
359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.57 
 
 
345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  28.48 
 
 
360 aa  136  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  29.22 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  32.25 
 
 
345 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.05 
 
 
356 aa  134  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 
366 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
387 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
387 aa  133  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 
359 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 
371 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 
387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.89 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.94 
 
 
363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.94 
 
 
363 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 
370 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.14 
 
 
361 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  31.05 
 
 
347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  28.1 
 
 
341 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  29.6 
 
 
367 aa  129  8.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.34 
 
 
369 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 
371 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 
362 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  29.25 
 
 
369 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.87 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  29.76 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  30.48 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.06 
 
 
363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 
361 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  29.04 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  30.45 
 
 
368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  29.69 
 
 
365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 
362 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  28.43 
 
 
342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.7 
 
 
367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 
373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
371 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
366 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.69 
 
 
364 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 
363 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  30.47 
 
 
374 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 
365 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.99 
 
 
348 aa  127  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  28.37 
 
 
346 aa  126  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
364 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.33 
 
 
348 aa  126  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>