More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4138 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  594  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 292 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  89.38 
 
 		 292 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  89.38 
 
 		 292 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  89.38 
 
 		 292 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  88.36 
 
 		 292 aa  501  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  39.03 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  35.5 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  34.73 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  31.05 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  31.69 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  35.85 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  30.43 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.99 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.28 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.21 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  21.58 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.37 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 289 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  21.07 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  21.07 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 266 aa  73.2  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.42 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 317 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  24.74 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  24.52 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  22.18 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  22.89 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  26.94 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  23.13 
 
 		 285 aa  68.9  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 324 aa  68.9  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  27.47 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  21.37 
 
 		 285 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.1 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.94 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  21.48 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.63 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 358 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  24.81 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  29.24 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  22.61 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.53 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  21.37 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.66 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>