More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1734 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  74.91 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  59.36 
 
 		 287 aa  353  1e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 291 aa  338  8e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 291 aa  338  8e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 287 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  41.34 
 
 		 282 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.88 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  26.07 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 292 aa  119  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  26.24 
 
 		 280 aa  115  7.999999999999999e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  28.57 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  28.2 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  30.59 
 
 		 327 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  28.2 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.63 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  28.3 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.04 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  28.68 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  27.51 
 
 		 331 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  26.18 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  29.3 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25.66 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 315 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 327 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  27.76 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.52 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  27.5 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  26.02 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 278 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  26.74 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  26.74 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  28.51 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  28.03 
 
 		 291 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 291 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 285 aa  95.9  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 277 aa  95.5  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 358 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 278 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  25.6 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  27 
 
 		 277 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 280 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.86 
 
 		 280 aa  93.6  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3158  transcriptional regulator, RpiR family  28.4 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0673923 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  27.64 
 
 		 283 aa  93.2  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 281 aa  92.8  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 286 aa  92.8  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  27.63 
 
 		 256 aa  92.4  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.64 
 
 		 334 aa  92.8  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  23.55 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 285 aa  90.1  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>