More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3000 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 321 aa  644    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  87.96 
 
 		 324 aa  563  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 319 aa  348  5e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  58.66 
 
 		 317 aa  340  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  59.64 
 
 		 319 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  55.28 
 
 		 337 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  50.65 
 
 		 329 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  52.78 
 
 		 331 aa  295  7e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  50.8 
 
 		 332 aa  287  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  49.47 
 
 		 327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 316 aa  252  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  47.89 
 
 		 313 aa  251  9.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 316 aa  242  6e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  46.98 
 
 		 311 aa  238  8e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  47.33 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  47.33 
 
 		 320 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 314 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 314 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 314 aa  228  8e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 327 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.18 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 282 aa  89.4  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.82 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 290 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.19 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.54 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30 
 
 		 286 aa  83.6  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 273 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 280 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  22.99 
 
 		 272 aa  80.5  0.00000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.57 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31.18 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 288 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.38 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  27.72 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.72 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.63 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.63 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.63 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.63 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.34 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  31.42 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  22.65 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.71 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.71 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.73 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.69 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.99 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  27.37 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.8 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.09 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.44 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>