More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4228 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  74.66 
 
 		 327 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  76.11 
 
 		 327 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  72.54 
 
 		 314 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  72.54 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  72.08 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  72.54 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  71.83 
 
 		 320 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 316 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 316 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  66.01 
 
 		 338 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 314 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 314 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 314 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 314 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  60.82 
 
 		 358 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 337 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  54.96 
 
 		 331 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  51.8 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  56.46 
 
 		 332 aa  292  5e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 317 aa  280  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 319 aa  276  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 319 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  49.1 
 
 		 321 aa  252  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 324 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  46.24 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  33.08 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 291 aa  123  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 291 aa  123  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  29.88 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 287 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 288 aa  87  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.69 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.64 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  31.65 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.92 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  26.3 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  34.02 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 266 aa  72  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  26.97 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.97 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.48 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  28.44 
 
 		 281 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.97 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.97 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.61 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  28.57 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.82 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.82 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  27.63 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.63 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  25.3 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.97 
 
 		 290 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.1 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.22 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 288 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.72 
 
 		 288 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  28.9 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.68 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>