More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3607 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  652    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  35.02 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  32.37 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  33.1 
 
 		 329 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  32.71 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  32.58 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  33.09 
 
 		 331 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  31.44 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 358 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.28 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 291 aa  97.4  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 291 aa  97.4  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  26.02 
 
 		 282 aa  90.9  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  86.7  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  29.56 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  29.56 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.36 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  27.72 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.72 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  28.96 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.8 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 279 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  22.73 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.19 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.32 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.8 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  29.88 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  30.04 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.46 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  26.67 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  27.04 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.91 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.97 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  25.66 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.09 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.09 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.97 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.83 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  26.01 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.09 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>