More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1122 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  583  1e-166  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 		 320 aa  186  3e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 280 aa  186  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  34.41 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  35.25 
 
 		 315 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.93 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  34.75 
 
 		 327 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  35.71 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  32.98 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  30.71 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  33.46 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  34.29 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  32.82 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  31.32 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  30.32 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  31.2 
 
 		 285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 281 aa  138  7.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  28.42 
 
 		 319 aa  138  8.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  33.46 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.57 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  30.57 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  29.77 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  32.56 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  28.37 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28.93 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.39 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  30.07 
 
 		 342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.12 
 
 		 280 aa  126  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  126  5e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.58 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 284 aa  125  9e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.53 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.74 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.87 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.43 
 
 		 289 aa  122  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.37 
 
 		 284 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.47 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.39 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.39 
 
 		 290 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.47 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.47 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.39 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.47 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.39 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  30.28 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.89 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.46 
 
 		 284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.47 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  28.17 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.47 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 281 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.18 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.54 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.54 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  27.02 
 
 		 304 aa  118  9e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.5 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  28.4 
 
 		 272 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.58 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.08 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  29.08 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  29.08 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.08 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.58 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  31.92 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.08 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>