More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0706 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  614  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  74.91 
 
 		 297 aa  436  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  60.42 
 
 		 287 aa  369  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 291 aa  350  1e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 291 aa  350  1e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 287 aa  333  2e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  37.81 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.6 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.01 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 316 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  32.23 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  28.77 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  30.22 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  29.39 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  29.3 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  29.85 
 
 		 329 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  28.57 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  28.57 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  30.33 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  28.79 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  29.43 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  30.67 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.62 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  25.91 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 312 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.84 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 334 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 337 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  26.95 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  27.2 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  28.16 
 
 		 283 aa  103  5e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  26.84 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  26.47 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  28.83 
 
 		 333 aa  99  8e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 358 aa  99  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  25.95 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 319 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  24.65 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  29.44 
 
 		 277 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 280 aa  96.7  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  26.44 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  27.34 
 
 		 256 aa  95.9  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 301 aa  95.9  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 315 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>