More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1596 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  91.13 
 
 		 293 aa  554  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  91.37 
 
 		 278 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  75.77 
 
 		 375 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  75.77 
 
 		 303 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 293 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 293 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  75.77 
 
 		 293 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 293 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 293 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 293 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  62.9 
 
 		 287 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  60.54 
 
 		 302 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  60.98 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  61.7 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 292 aa  278  7e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 294 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  43.73 
 
 		 302 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 294 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 286 aa  202  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  39.33 
 
 		 285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  39.63 
 
 		 277 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  38.38 
 
 		 285 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  37.28 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 280 aa  186  5e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  36.74 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  35.43 
 
 		 256 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 284 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  31.11 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  31.11 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  32.35 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  32.2 
 
 		 285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  31.01 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.44 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  29.84 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  29.84 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.08 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.57 
 
 		 287 aa  99.4  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 284 aa  95.5  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 		 296 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 		 284 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  25.93 
 
 		 296 aa  92  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  28.27 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  25.95 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  26.12 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 286 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  26.62 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  27.24 
 
 		 273 aa  83.2  0.000000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.05 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  26.56 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  25.4 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.54 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  26.71 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>