More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0075 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  100 
 
 
277 aa  564  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  75.37 
 
 
277 aa  418  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  74.02 
 
 
256 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  40.23 
 
 
302 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
294 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
294 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  38.27 
 
 
293 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
294 aa  178  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
319 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
319 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
319 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
278 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  38.02 
 
 
285 aa  175  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
293 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
293 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
293 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
293 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
293 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
284 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  37.18 
 
 
375 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  37.18 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  35.02 
 
 
280 aa  172  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
278 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  36.74 
 
 
293 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
286 aa  169  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  37.5 
 
 
285 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  37.12 
 
 
285 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  37.5 
 
 
277 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  36.74 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  37.79 
 
 
310 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
292 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
280 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  37.02 
 
 
309 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  37.91 
 
 
302 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  33.46 
 
 
291 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  34.44 
 
 
291 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  37.4 
 
 
285 aa  156  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  37.08 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
299 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
307 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  30.5 
 
 
297 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
314 aa  99.8  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
299 aa  97.1  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.65 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
298 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
292 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
301 aa  89  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.72 
 
 
287 aa  88.6  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
301 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25.95 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
305 aa  82.4  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.77 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  28.89 
 
 
296 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.97 
 
 
310 aa  82  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
296 aa  80.1  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
300 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.98 
 
 
286 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  28.44 
 
 
286 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.98 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  27.98 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  27.98 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.98 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.98 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.4 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  30.27 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
284 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
335 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
286 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
286 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
286 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
286 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
286 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27.8 
 
 
331 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  23.73 
 
 
272 aa  75.9  0.0000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.64 
 
 
290 aa  75.5  0.0000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
286 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  26.22 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  26.46 
 
 
284 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 
337 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
282 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
286 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  22.18 
 
 
280 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.79 
 
 
289 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  30.33 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.79 
 
 
290 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>