More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2412 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 285 aa  572  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  43.17 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  43.16 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 280 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  37.35 
 
 		 280 aa  182  6e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  40.6 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 284 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 284 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  38.85 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  38.89 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  38.46 
 
 		 285 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  37.4 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 277 aa  148  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  37.55 
 
 		 256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 311 aa  126  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  32.14 
 
 		 375 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  32.14 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  32.14 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  31.13 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  32.2 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 278 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  29.48 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  30.04 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  29.55 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  31.6 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.51 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 314 aa  97.1  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  28.52 
 
 		 297 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.7 
 
 		 290 aa  89.7  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  30.26 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  27.35 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  28.41 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  28.41 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  28.04 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  28.87 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  20.68 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.81 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.77 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.66 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.66 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  28.22 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.66 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.66 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 270 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>