More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3501 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 302 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  95.12 
 
 		 287 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  75.17 
 
 		 310 aa  474  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  72.19 
 
 		 309 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  59.73 
 
 		 293 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  60.27 
 
 		 293 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  59.06 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  59.06 
 
 		 303 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 278 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 292 aa  256  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 319 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 319 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  42.5 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 315 aa  245  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  39.18 
 
 		 285 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 286 aa  199  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  38.81 
 
 		 285 aa  196  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  38.06 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 278 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 284 aa  193  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  36.9 
 
 		 277 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  39.04 
 
 		 256 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 285 aa  165  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  37.91 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  29.56 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  31.13 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  29.66 
 
 		 286 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  31.32 
 
 		 287 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.53 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.68 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  29.24 
 
 		 286 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  28.9 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  28.9 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.9 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.9 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.9 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 326 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  26.13 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  29.29 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  24.33 
 
 		 331 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 314 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 314 aa  92.8  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 335 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  29.25 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  27.71 
 
 		 332 aa  90.5  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  28.03 
 
 		 273 aa  88.2  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  26.91 
 
 		 331 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.51 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>