More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1042 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  90.62 
 
 		 301 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  36.19 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  33.8 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  35.45 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  33.58 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  38.01 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  36.03 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  32.31 
 
 		 285 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 286 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  33.09 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  31.37 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  28.05 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  30.98 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 286 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  33.09 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  33.09 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  33.09 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 284 aa  119  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 284 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  29.34 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  29.39 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  30.12 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  29.73 
 
 		 310 aa  112  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.68 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  29.28 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  29.28 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  28.79 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  30.07 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.28 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 334 aa  99  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  29.78 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  27.56 
 
 		 293 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  26.27 
 
 		 282 aa  95.5  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  34.13 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 307 aa  94  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  27.17 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  29.44 
 
 		 277 aa  93.2  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  30.6 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  33.73 
 
 		 331 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  27.82 
 
 		 256 aa  88.6  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 314 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  30.12 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  30.83 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  31.25 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 314 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 280 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>