277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1414 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  100 
 
 		 286 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  84.27 
 
 		 309 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  31.8 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  35.66 
 
 		 300 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  32.49 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  32.5 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.5 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  30.14 
 
 		 277 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 286 aa  99  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.81 
 
 		 287 aa  95.9  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  26.32 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  30.22 
 
 		 286 aa  92.8  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  30.22 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  30.22 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  28.23 
 
 		 285 aa  90.1  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.24 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 284 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  27.88 
 
 		 288 aa  85.9  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 287 aa  85.9  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  26.19 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  26.19 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  28.84 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  25.63 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  24.83 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  25.21 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  26.34 
 
 		 285 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.28 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  22.05 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.6 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  24.19 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  24.19 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  26.34 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  21.77 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.78 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.05 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  28.22 
 
 		 285 aa  68.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  22.58 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.58 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  24.76 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  26.97 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.4 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  25.94 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>