More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_1409 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  594  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  98.64 
 
 		 319 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  98.64 
 
 		 319 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  97.28 
 
 		 319 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  97.28 
 
 		 294 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  97.28 
 
 		 294 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  94.22 
 
 		 315 aa  564  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  84.08 
 
 		 302 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 334 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 292 aa  415  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 299 aa  296  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  43.53 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  43.6 
 
 		 310 aa  249  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  45.29 
 
 		 293 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  43.66 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  43.59 
 
 		 287 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  44.93 
 
 		 375 aa  244  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  44.93 
 
 		 303 aa  244  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 278 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  42.56 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 286 aa  226  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  41.06 
 
 		 285 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  41.44 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  40.84 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 284 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 284 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 285 aa  188  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 280 aa  188  1e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  39.38 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  39.1 
 
 		 277 aa  182  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 278 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  40.24 
 
 		 256 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  31.23 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  31.6 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 280 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  29.68 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  27.88 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.3 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  28.52 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  28.52 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  28.52 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.77 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 286 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.3 
 
 		 287 aa  99  8e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 310 aa  95.5  9e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  28.3 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  26.77 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  26.52 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.31 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  29.36 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  30.21 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  25.97 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  28.09 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  28.41 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  25.53 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>