More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2033 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 290 aa  589  1e-167  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  64.91 
 
 		 310 aa  379  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.07 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  27.41 
 
 		 287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 		 282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  26.97 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  27.34 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  31.23 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  27.53 
 
 		 302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  29.86 
 
 		 285 aa  106  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  26.86 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 278 aa  105  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 284 aa  105  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  27.9 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.32 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 326 aa  96.3  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  28.67 
 
 		 284 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 291 aa  92.8  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  32.24 
 
 		 332 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  26.06 
 
 		 286 aa  92.8  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  26.06 
 
 		 286 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  26.06 
 
 		 286 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  26.06 
 
 		 286 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  26.06 
 
 		 286 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  26.06 
 
 		 286 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  29.04 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  28.04 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  26.06 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  28.04 
 
 		 375 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 337 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  27.7 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  29.69 
 
 		 329 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  29.69 
 
 		 331 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  27.84 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  29.74 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 277 aa  86.7  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  24.39 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  27.04 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 284 aa  85.9  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  27.52 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  26.07 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 278 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27.88 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.61 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  29.26 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  31.16 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  27.76 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.12 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.57 
 
 		 320 aa  79  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>