More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1338 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  584  1e-166  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  584  1e-166  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 287 aa  364  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 299 aa  350  1e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  60.51 
 
 		 287 aa  342  5.999999999999999e-93  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  58.42 
 
 		 297 aa  338  8e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  45.55 
 
 		 282 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  32.6 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  32.6 
 
 		 329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.18 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  33.33 
 
 		 332 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  32.5 
 
 		 327 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  30.82 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 327 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  30.82 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  28.78 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 358 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  28.78 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  25.8 
 
 		 288 aa  112  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  29.41 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  27.55 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  29.06 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 312 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  27.94 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  28.22 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.83 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  26.91 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  28.3 
 
 		 375 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  29.43 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  30.38 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  28.3 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  26.91 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  28.79 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.57 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3158  transcriptional regulator, RpiR family  27.44 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0673923 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  28.86 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  29.85 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  26.34 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  29.29 
 
 		 323 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 278 aa  99  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 276 aa  99.4  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  27.17 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 338 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 334 aa  97.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 284 aa  96.7  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 315 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 284 aa  95.9  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  26.33 
 
 		 304 aa  95.5  9e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>