More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2133 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
292 aa  599  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  71.58 
 
 
290 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  70.88 
 
 
290 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  64.31 
 
 
291 aa  394  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  50 
 
 
292 aa  323  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  54.61 
 
 
288 aa  321  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  54.26 
 
 
288 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  54.26 
 
 
299 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  52.48 
 
 
294 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  52.48 
 
 
285 aa  295  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
276 aa  205  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  38.79 
 
 
314 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  38.43 
 
 
314 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.73 
 
 
334 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
293 aa  158  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  32.85 
 
 
285 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  34.52 
 
 
285 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
284 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
286 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
292 aa  125  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
292 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
292 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
292 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  31.42 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
291 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
291 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
287 aa  104  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 
299 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  26.57 
 
 
287 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
289 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
313 aa  99.4  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.71 
 
 
297 aa  90.9  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 
282 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  25.98 
 
 
288 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  26.38 
 
 
314 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
283 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  23.13 
 
 
290 aa  76.3  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27 
 
 
331 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
314 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  26.94 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  26.3 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  26.79 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
314 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
317 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.46 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  24.55 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.76 
 
 
280 aa  70.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  29.12 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
283 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  22.14 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.04 
 
 
308 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
297 aa  68.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.68 
 
 
289 aa  68.9  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.01 
 
 
310 aa  68.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
284 aa  68.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  23.53 
 
 
293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
298 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.69 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25.17 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
319 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.35 
 
 
288 aa  67  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.99 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.78 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  27.34 
 
 
313 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.78 
 
 
375 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.78 
 
 
303 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  22.78 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  29.06 
 
 
331 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.78 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.78 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  22.78 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  23.16 
 
 
286 aa  66.6  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
273 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  23.55 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.3 
 
 
284 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
335 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  23.88 
 
 
277 aa  65.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.08 
 
 
298 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  31.5 
 
 
280 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  31.5 
 
 
280 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26 
 
 
334 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.12 
 
 
302 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
303 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
319 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  24.62 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
279 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
315 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0567682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>