More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_4206 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  97.13 
 
 		 314 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  91.77 
 
 		 316 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  94.59 
 
 		 338 aa  547  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  91.77 
 
 		 316 aa  530  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  89.81 
 
 		 314 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  72.35 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  73.4 
 
 		 314 aa  411  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  73.4 
 
 		 314 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  73.4 
 
 		 314 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  73.05 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  73.05 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  73.4 
 
 		 320 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  72.7 
 
 		 314 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 316 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  66.11 
 
 		 327 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 327 aa  349  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 358 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 337 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  53.41 
 
 		 331 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  53.05 
 
 		 329 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  54.58 
 
 		 332 aa  279  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 317 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  46.18 
 
 		 321 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 319 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 312 aa  228  9e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  41.04 
 
 		 313 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  30.37 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  30.5 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  28.35 
 
 		 288 aa  99  9e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.15 
 
 		 320 aa  92.4  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.52 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.52 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.52 
 
 		 290 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 		 327 aa  89.7  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.52 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 273 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.86 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  29.59 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.13 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  27.34 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  26.97 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.67 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  26.87 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.49 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25.69 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 280 aa  79.7  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  28.82 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  26.84 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.3 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.64 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.69 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.64 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.36 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.64 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.74 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.63 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.41 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.61 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  25.94 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  25.94 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.83 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  29.78 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  25.27 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.41 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.55 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.9 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  22.1 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.04 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>