More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0260 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 323 aa  624  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  55.52 
 
 		 288 aa  278  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 295 aa  255  7e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  50.35 
 
 		 283 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 283 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  38.93 
 
 		 282 aa  159  8e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.42 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 291 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 291 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  27.04 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  31.18 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  28.91 
 
 		 285 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  29.3 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  28.37 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  87.8  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.88 
 
 		 334 aa  86.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  31.16 
 
 		 290 aa  85.9  8e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  31.11 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  29.5 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  31.11 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  28.93 
 
 		 375 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  26.95 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  28.93 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 284 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  31 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  29 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  30.74 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  31.67 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  30.24 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  27.84 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  31.7 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.73 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  29.77 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.28 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  32.08 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  30.89 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.04 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  30.45 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  31.17 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  27.41 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.06 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  32.91 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 286 aa  67  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>