More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0574 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  52.35 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  50.92 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  50.75 
 
 		 283 aa  210  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 283 aa  209  5e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  44.2 
 
 		 282 aa  206  5e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  24.61 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.37 
 
 		 287 aa  92.8  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  28.63 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 280 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 313 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  26.6 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  29.52 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  33.5 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  21.25 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  28.19 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  21.51 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  28.08 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.75 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 292 aa  58.9  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  23.59 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.34 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  23.43 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  25 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  25 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 284 aa  57  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  24.22 
 
 		 321 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  24.83 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  44.83 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.09 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  27.97 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  27.87 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 329 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.61 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  55.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  28.24 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 278 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  22.55 
 
 		 290 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 313 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 338 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  29.32 
 
 		 272 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 292 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 292 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 292 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  24.09 
 
 		 375 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  24.09 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  53.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.18 
 
 		 290 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>