178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1411 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 282 aa  547  1e-155  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  44.4 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  45.39 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 283 aa  159  7e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  38.57 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.44 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  28.23 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  26.36 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  32.34 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  26.67 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  31.28 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.14 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  25.86 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  26.15 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  26.1 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  25.09 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  25.66 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  25.38 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 329 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 313 aa  57  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  27.08 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 292 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  26.72 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 337 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 296 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  22.74 
 
 		 277 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  44.83 
 
 		 289 aa  54.7  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  26.3 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 282 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.87 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 310 aa  53.5  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 292 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 290 aa  52.8  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  24.5 
 
 		 285 aa  52.4  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 292 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 327 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  26.62 
 
 		 314 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 316 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  26.24 
 
 		 311 aa  50.4  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 319 aa  50.4  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  21.61 
 
 		 290 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 292 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  26.24 
 
 		 320 aa  50.4  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 284 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2753  transcriptional regulator, RpiR family  29.78 
 
 		 301 aa  50.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 305 aa  50.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 314 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  25.74 
 
 		 277 aa  50.4  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 314 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 309 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 266 aa  49.7  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  20.55 
 
 		 280 aa  49.3  0.00006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 292 aa  49.7  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 316 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  20.45 
 
 		 291 aa  49.3  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 319 aa  48.9  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 292 aa  48.9  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  26.22 
 
 		 256 aa  48.5  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>