More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0160 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  80.57 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  54.38 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  33.94 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  31.39 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 281 aa  122  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  36.23 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  32.03 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  30.88 
 
 		 278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  30.96 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  32.12 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  27.9 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 272 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  27.7 
 
 		 272 aa  97.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 272 aa  94  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 281 aa  85.9  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.81 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.91 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.76 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.39 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  27.63 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  24.4 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  24.23 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  27.11 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  24.71 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  24.71 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  19.63 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  19.63 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  26.74 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  23.85 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  29.5 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  28.84 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  23.55 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  25.36 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  24.32 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  23.46 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  23.14 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.3 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  22.14 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  20.86 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  22.31 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>