192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2807 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  87.24 
 
 		 290 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  86.55 
 
 		 307 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  86.55 
 
 		 290 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  34.15 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.76 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  171  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  168  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  31.51 
 
 		 296 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  25.38 
 
 		 284 aa  92.4  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 284 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.42 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  24.4 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  26.5 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  26.15 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.48 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.2 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  24.2 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 294 aa  65.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 278 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  18.51 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  23.84 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  22.9 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  21.66 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.4 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  23.9 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  20.68 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  23.48 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  22.26 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  20.73 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  27.49 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  23.64 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  20.15 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  25.36 
 
 		 311 aa  57  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  21.46 
 
 		 291 aa  57  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 326 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  25.36 
 
 		 314 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  25.18 
 
 		 283 aa  54.7  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 335 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  21 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 279 aa  53.1  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 292 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  19.86 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 279 aa  52.8  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  21.86 
 
 		 297 aa  52.8  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  21.84 
 
 		 277 aa  52.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 314 aa  52.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 282 aa  52.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>