153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4015 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  96.97 
 
 		 294 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  92.93 
 
 		 295 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  92.93 
 
 		 295 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  92.93 
 
 		 295 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  89.97 
 
 		 299 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 291 aa  530  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  81.08 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  79.05 
 
 		 296 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  75.68 
 
 		 298 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 298 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  76.85 
 
 		 292 aa  454  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 290 aa  344  8e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  33.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 287 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 286 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  25.28 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  25.28 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  23.53 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.09 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  25.99 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 276 aa  70.1  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  24.2 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  23.86 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  23.93 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 314 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.28 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  23.1 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  20.41 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.62 
 
 		 297 aa  57  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  23.88 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 286 aa  57  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.92 
 
 		 288 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  20.75 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  21.17 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  21.27 
 
 		 309 aa  54.3  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  19.66 
 
 		 292 aa  53.5  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 292 aa  53.1  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  20.43 
 
 		 287 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  21.4 
 
 		 310 aa  52.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 314 aa  52.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 282 aa  50.8  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 286 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 286 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  18.78 
 
 		 278 aa  50.4  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 292 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  20.45 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 286 aa  49.7  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 305 aa  49.7  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  22.09 
 
 		 279 aa  49.3  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  23.4 
 
 		 286 aa  49.3  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  21.99 
 
 		 290 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 303 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  23.4 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  23.4 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  21.22 
 
 		 288 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 272 aa  47.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  23.4 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  23.4 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  23.4 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.53 
 
 		 290 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>