More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_1544 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
279 aa  550  1e-155  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.8 
 
 
282 aa  152  8e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.51 
 
 
282 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
282 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.82 
 
 
285 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  31.82 
 
 
285 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
285 aa  143  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
280 aa  142  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  31.23 
 
 
285 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
285 aa  142  6e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  31.47 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  26.88 
 
 
283 aa  139  4.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  31.12 
 
 
285 aa  139  7e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 
279 aa  139  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 
279 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 
279 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  31.25 
 
 
282 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  32.71 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
287 aa  129  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  26.35 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  30.37 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.21 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 
299 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  27.08 
 
 
320 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
284 aa  123  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  27.99 
 
 
284 aa  122  8e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 
286 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 
322 aa  122  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  26.54 
 
 
333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  27.84 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
284 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.61 
 
 
284 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  31.42 
 
 
283 aa  120  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.22 
 
 
281 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  30.42 
 
 
282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  30.15 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  24.41 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  29.69 
 
 
284 aa  110  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0972  transcriptional regulator, RpiR family  32.59 
 
 
281 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
299 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.1 
 
 
272 aa  106  4e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  24.82 
 
 
281 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  26.15 
 
 
327 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  27.61 
 
 
293 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  24.34 
 
 
304 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
293 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
266 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  26.85 
 
 
315 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
338 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  23.38 
 
 
320 aa  103  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 
284 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.2 
 
 
290 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
266 aa  103  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.2 
 
 
290 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  28.57 
 
 
288 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.2 
 
 
290 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  24.4 
 
 
279 aa  102  7e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  24.25 
 
 
273 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
279 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
279 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  25.99 
 
 
285 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
309 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.8 
 
 
290 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.2 
 
 
289 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
284 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  28.17 
 
 
288 aa  99  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
296 aa  99.4  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
288 aa  99  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>