122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4002 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  593  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  79.19 
 
 		 298 aa  478  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  77.36 
 
 		 298 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 295 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  76.85 
 
 		 297 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 295 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 295 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 294 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  75.93 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  76.85 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  77.4 
 
 		 291 aa  449  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  75.84 
 
 		 299 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  61.89 
 
 		 290 aa  374  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  32.99 
 
 		 288 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  26.36 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  26.17 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  23.68 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  23.48 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  24.48 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  23 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  23.97 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  23.96 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25.81 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 296 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.84 
 
 		 375 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  23.84 
 
 		 303 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  20.89 
 
 		 288 aa  52.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 288 aa  52.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  22.05 
 
 		 287 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  19.77 
 
 		 302 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  23.44 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.22 
 
 		 334 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.54 
 
 		 297 aa  50.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  21.51 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  19.73 
 
 		 282 aa  50.4  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  21.77 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  23.43 
 
 		 278 aa  50.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.46 
 
 		 310 aa  50.4  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  23.03 
 
 		 290 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 314 aa  49.7  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 296 aa  49.3  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 313 aa  49.3  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  23.03 
 
 		 323 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  20.95 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 292 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  26.06 
 
 		 273 aa  47  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  20.77 
 
 		 305 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  19.33 
 
 		 274 aa  46.2  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  23.78 
 
 		 272 aa  46.2  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  21.18 
 
 		 283 aa  45.8  0.0007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 286 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 281 aa  45.8  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  21.12 
 
 		 290 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  21.58 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 280 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  31.67 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.89 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  21.53 
 
 		 309 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  23.29 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>