More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1243 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  570  1e-161  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  34.32 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1901  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2382  helix-turn-helix protein RpiR  31.37 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2339  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.146388  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  31.05 
 
 		 280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.15 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.24 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.66 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  27.21 
 
 		 327 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  31.42 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.56 
 
 		 282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  29.32 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  26.24 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.67 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  27.9 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  25.52 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.92 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.92 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.92 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  28.4 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.8 
 
 		 281 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 287 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 284 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  31.88 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.96 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  29.66 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.96 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 285 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  26.47 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  31.27 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  29.96 
 
 		 281 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.24 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  26.57 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 289 aa  103  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 285 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 285 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 339 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  26.98 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 339 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.18 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  26.43 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  26.18 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  24.03 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 282 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 282 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>